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常见的男性生殖系统疾病包括生殖道感染、早泄、阳痿、不育、泌尿系统结石、肿瘤等。

生殖道感染，包括附睾炎、尿道炎、前列腺炎。包括狭义的性病，如淋病、非淋菌性尿道炎，也包括特异性感染，比如附睾结核。

早泄分为原发性早泄和继发性早泄。原发性早泄是指从初次性交开始，射精往往或总是在插入阴道前或插入阴道后大约1分钟以内发生。继发性早泄是指射精潜伏时间显著缩短，通常小于3分钟。早泄患者总是或几乎总是不能控制/延迟射精；心理上会出现消极的身心影响，如苦恼、忧虑、沮丧和躲避性生活，影响夫妻之间的关系和谐。

阳痿又称为勃起功能障碍，病因包括心理性、神经源性、血管性、内分泌性、糖尿病性、解剖因素、手术外伤、药物因素等。治疗的目标是全面康复，达到和维持坚挺的勃起，从而恢复满意的性生活。

男性不育症是指夫妇同居12个月以上，未采取任何避孕措施，由于男方因素造成女性不孕。30%～40%男性不育症患者无法找到确切的原因，称之为特发性男性不育症。此类患者无影响生育的病史，体格检查及内分泌和理化实验室检查结果正常，但精液分析常常发现异常。特发性男性不育症可能由于多种因素引起，包括环境污染造成的内分泌紊乱、活性氧损伤，以及遗传或表观遗传异常。

此外，泌尿系统结石、肿瘤，如输尿管结石、肾结石，肾脏、膀胱、尿道肿瘤也较常见。