为保护自身健康，减少疾病的发生，应做到：
注意饮用水卫生
保护好饮用水源，尽快移走水源周围的粪缸、牲畜圈，清除垃圾堆、打捞水中的漂浮物；垃圾堆放要有固定的地点，防止污染水源；不喝生水，只喝开水或符合卫生标准的瓶装水、桶装水；装水的缸、桶、锅、盆等必须保持清洁，并经常倒空清洗；对取自井水、河水、湖水、塘水的临时饮用水，一定要进行消毒；混浊度大、污染严重的水，必须先加明矾澄清；漂白粉(精片)必须放在避光、干燥、凉爽处(如用棕色瓶拧紧瓶盖存放)。
注意食品卫生
不吃淹死或死因不明的禽畜和水产品；不吃霉烂变质或被污水浸泡过的食物；不吃剩饭剩菜，不吃生冷食物；不使用污水清洗瓜果、蔬菜；不自行采食野生蘑菇和其他野菜；食物生熟要分开；饭前便后要洗手，加工食品前要洗手；碗筷要清洁消毒后使用；不要到无卫生许可证的摊档购买食品。
注意环境卫生
灾后应设置临时厕所、垃圾收集站点，做好垃圾、粪便的卫生管理，妥善处理人畜尸体；洪水退去后，应消除住所外的污泥，垫上砂石或新土，整修道路，排除积水；清除井水污泥并投以漂白粉消毒；清除垃圾杂物，铲除杂草；应将家具清洗再搬入居室；整修厕所，修补禽畜圈；不要随地大小便，粪便、排泄物和垃圾要排放在指定区域。
加强禽畜的管理
家禽和家畜要圈养，搞好禽舍和畜舍的卫生，栏内的禽畜粪便要及时清理，发酵处理，不能直接排入河水、湖水、塘水中；圈棚要经常喷洒灭蚊药；尽快修复危、塌棚舍，确保人畜安全。
做好蚊蝇消杀灭，防鼠灭鼠，灭螨防螨
对重点区域如帐篷、窝棚、临时垃圾点及厕所进行蚊、蝇、鼠和螨的杀灭，及时处理蚊蝇孳生地；做好防蚊措施；粪缸、粪坑中要加药杀蛆；室内用苍蝇拍灭蝇，食物用防蝇罩遮盖；动物尸体要深埋，土层要夯实；发现鼠情应翻动可能藏鼠的物品，及时消灭窜出的老鼠，若发现鼠洞应立即堵塞；避免徒手拿鼠，在适当地点对老鼠焚烧或深埋；保持住屋和附近地面整洁干燥，不要在草堆上坐卧、休息。
注意个人卫生
保持手部清洁，不要用手尤其是脏手揉眼睛，个人的毛巾、脸盆、手帕应当单用，如果不得不与病人共用脸盆，则应让健康人先用，病人后用，用完后用肥皂将脸盆洗净；保持皮肤清洁干燥，随身用毛巾等擦汗，避免皮肤擦烂；不要随地大小便和乱扔垃圾；尽量减少在水中浸泡的时间，避免接触污水；要防止溺水、触电、中暑、蚊虫叮咬和毒蛇咬伤等；如感觉身体不适特别是出现发热、腹泻等症状，要及时找医生诊治。
注意心理健康，注意特殊人群护理
保持积极的心理状态，在被水围困的情况下，找些感兴趣的事做；避免过度劳累，保持良好的生活规律，合理安排作息时间；对特殊人群（老、弱、病人）尽量营造好一点的生活和居住环境，减少疾病和死亡的发生。